Le Grand Orgue, du facteur Stoltz, exposé lors de l’Exposition Universelle de Paris en 1855, est offert à la cathédrale d’Agen par l’Impératrice Eugénie. 

Il y est installé en 1859. 

Stoltz lui-même l’agrandira et l’améliorera afin qu’il puisse s’adapter au répertoire en pleine évolution de l’époque. Il s’agit d’un grand instrument d’une grande puissance, le plus grand jamais installé en Lot-et-Garonne, il possède alors 42 jeux répartis sur trois claviers et un clavier de pédales.

Au cours du XXème siècle, la plus importante modification est due à Rochesson et Gonzalès, qui selon le goût de l époque électrifient l’instrument et l’agrandissent à nouveau, pour lui donner 50 jeux sur 3 claviers de 61 notes et un pédalier de 30 notes.

Le Buffet et la partie instrumentale sont classés Monument Historique en 2000, et à bout de souffle, restauré à partir de 2004, par la Manufacture Languedocienne de Grandes Orgues, dirigée par Charles Emmanuel Sarelot, ainsi que le facteur d’orgues Claude Berger. 

La restauration a consisté à redoter l’instrument d’une mécanique, et de lui faire retrouver ses sonorités originelles, de sorte que l’instrument soit proche de ce qu’il était en 1859. Il possède aujourd’hui 45 jeux répartis sur trois claviers de 56 touches, et d’un clavier de pédales de 30 notes.